初步重构

.gitignore

@@ -33,6 +33,10 @@ client-tests.txt
 desktop-test.txt
 h-test.txt
 test-fallback.txt
+test2.txt
+tsc-out.txt
+arch-out.txt
+vitest-result.json
 
 # Compiled JS artifacts leaked into src directories
 packages/infra/src/*.js
@@ -51,3 +55,4 @@ packages/desktop/pnpm-workspace.yaml
 Thumbs.db
 .idea/
 .vscode/
+.workbuddy/memory/

.prettierignore

@@ -4,3 +4,5 @@ node_modules/
 package-lock.json
 pnpm-lock.yaml
 *.md
+vitest-result.json
+test-output*.txt

.prettierrc

@@ -3,5 +3,6 @@
   "singleQuote": true,
   "tabWidth": 2,
   "trailingComma": "es5",
-  "printWidth": 100
+  "printWidth": 100,
+  "endOfLine": "auto"
 }

docs/configuration.md

@@ -40,10 +40,7 @@ context:
 memory:
   enabled: false          # 启用长期记忆
   model: ""               # 记忆提取模型，空字符串回退主模型
-  maxBytes: 16384         # 记忆文件最大字节数
-  promptMaxBytes: 8192    # 注入提示的最大字节数
-  extraTypes: []          # 自定义记忆类型
-  disabledTypes: []       # 禁用的记忆类型名
+  promptMaxBytes: 8192    # 注入提示的记忆内容最大字节数
 ```
 
 ### 字段详细说明
@@ -57,26 +54,7 @@ memory:
 | `context.compactionModel` | `''` | 上下文压缩使用的模型，空字符串回退到主会话 LLM |
 | `memory.enabled` | `false` | 是否启用长期记忆系统 |
 | `memory.model` | `''` | 记忆提取使用的模型，空字符串回退到主模型 |
-| `memory.maxBytes` | `16384` | 单个记忆文件的最大字节数 |
 | `memory.promptMaxBytes` | `8192` | 注入 system prompt 的记忆内容最大字节数 |
-| `memory.extraTypes` | `[]` | 自定义记忆类型列表 |
-| `memory.disabledTypes` | `[]` | 禁用的内置记忆类型名列表 |
-
-### 自定义记忆类型示例
-
-```yaml
-memory:
-  enabled: true
-  extraTypes:
-    - name: feedback
-      description: 工作流程中的教训和已验证的方法
-      enabled: true
-    - name: decision
-      description: 重要的架构和设计决策
-      enabled: true
-  disabledTypes:
-    - reference
-```
 
 ---
 

docs/memory.md

@@ -1,116 +1,74 @@
 # 长期记忆系统
 
-Coding Code 支持跨会话的长期记忆，自动从对话中提取和存储关键信息。本文档介绍记忆类型、内容分类、自动提取机制和手动编辑方法。
+Coding Code 支持跨会话的长期记忆：自动从对话中提取关键信息，并在下一次会话开始时重新注入。本文档介绍记忆文件、自动提取机制和手动编辑方法。
 
 ---
 
-## 内存类型
+## 记忆文件
 
-记忆文件存储在项目的 `.codingcode/memory.md` 中。
+记忆存储为单个 Markdown 文件：
 
----
-
-## 记忆内容
+```
+.codingcode/memory.md
+```
 
-内置三种记忆类型：
+**整个文件就是长期记忆**，没有分区、没有标记块。文件的全部内容会作为记忆注入，也会作为"已有记忆"参与下一次提取。
 
-| 类型 | 提取来源 | 内容 |
-|------|---------|------|
-| `user` | `[user]` 标签的消息 | 用户角色、技能栈、工作偏好及对 Agent 的纠正 |
-| `project` | `[user]` + `[assistant]` 消息 | 架构决策、技术选型、部署信息 |
-| `reference` | `[user]` + `[tool:*]` 消息 | 外部资源、文档、Dashboard 链接 |
+```markdown
+### 项目
+- 采用 monorepo 架构，使用 pnpm workspaces
+- 入口文件：packages/codingcode/src/cli.ts
 
-可通过 `memory.extraTypes` 添加自定义记忆类型，通过 `memory.disabledTypes` 禁用内置类型。
+### 用户偏好
+- 偏好结构化 Markdown 输出
+```
 
 ---
 
 ## 自动提取
 
-Agent 在每次会话后自动执行记忆提取：
+记忆模式开启后，Agent 在会话结束时自动执行记忆更新：
 
-1. 构建 system prompt，包含各记忆类型的提取指引
-2. 发送已有记忆 + 会话记录给 LLM
-3. LLM 输出 `<memory>...</memory>` 块
-4. 提取块内容，返回新记忆文本（null 表示无新内容）
-5. 矛盾时新信息替换旧条目，同一会话以最新为准
+1. 读取记忆文件全文作为"已有记忆"
+2. 将会话记录（按 `[user]` / `[assistant]` / `[tool:名称]` 标注）与已有记忆一起发送给 LLM
+3. LLM 输出整份**最新版记忆**，放在 `<memory>...</memory>` 块中
+4. 直接用输出内容整体替换记忆文件（受字节上限约束）
 
-提取使用的模型可通过 `memory.model` 配置，留空则回退到主会话模型。
-
----
+模型自行决定更新哪些内容：可以新增条目、修改过时信息、删除不再相关的内容，代码不做"模型只改动哪部分"的任何假设。若模型没有输出有效内容、或输出与当前文件一致，则不写入。
 
-## 记忆文件格式
+### 提取提示词
 
-记忆文件使用 Markdown 格式，自动提取内容包裹在标记块中：
+提取行为的规范全部写在提示词中，代码不感知记忆内容结构：
 
-```markdown
-<!-- auto:begin -->
-### user
-- 偏好使用函数式编程风格
-- 常用技术栈：React + TypeScript
+- 只保留值得跨会话记住的信息：用户偏好与纠正、项目架构决策、技术选型、外部资源与链接等
+- 忽略一次性任务、调试过程、报错堆栈、闲聊
+- 输出必须是一份完整、自洽的最新记忆，而不是只输出变动部分
+- 新旧信息矛盾时以最新为准
+- 记忆用 `### 主题` 小节组织，小节下用 `- ` 列要点
 
-### project
-- 采用 monorepo 架构，使用 pnpm workspaces
-- 入口文件：packages/codingcode/src/cli.ts
+提取使用的模型可通过 `memory.model` 配置，留空则回退到主会话模型。
 
-### reference
-- [API 文档](https://example.com/api)
-<!-- auto:end -->
+---
 
-手动添加的内容可以写在标记块之外，不会被自动提取覆盖。
-```
+## 手动编辑
 
-### 标记块机制
+记忆文件就是普通 Markdown，用户可以直接编辑：
 
-- `replaceAutoBlock()`：原子替换 `<!-- auto:begin -->` 和 `<!-- auto:end -->` 之间的内容
-- `stripMarkersForPrompt()`：去掉标记后注入系统提示
-- `enforceMaxBytes()`：按 `### ` 小节逐个裁剪到字节上限（默认 16384 字节）
-- `mergeAutoBlocks()`：以 `### ` 小节名为 key 合并，incoming 覆盖 base
+- 手动写下的内容会在下次会话时作为记忆注入 Agent
+- 手动编辑也会被下一次自动提取作为"已有记忆"读到；保留、修改还是删除由模型根据后续对话自行决定
+- 自动提取在写入前会重新检查文件：若提取期间文件被手动改动，则放弃本次写入，避免覆盖用户编辑
 
 ---
 
 ## 配置
 
-在 `codingcode.yaml` 中配置记忆系统：
-
-```yaml
-memory:
-  enabled: true              # 启用长期记忆（默认 false）
-  model: ""                  # 记忆提取模型，空字符串回退到主模型
-  maxBytes: 16384            # 记忆文件最大字节数
-  promptMaxBytes: 8192       # 注入提示的最大字节数
-  extraTypes: []             # 自定义记忆类型
-  disabledTypes: []          # 禁用的记忆类型名
-```
-
-### 自定义记忆类型
+在 `~/.codingcode/config.yaml` 中配置记忆系统：
 
 ```yaml
 memory:
-  enabled: true
-  extraTypes:
-    - name: feedback
-      description: 工作流程中的教训和已验证的方法
-      enabled: true
-    - name: decision
-      description: 重要的架构和设计决策
-      enabled: true
-  disabledTypes:
-    - reference              # 禁用内置的 reference 类型
+  enabled: true         # 启用长期记忆（默认 false）
+  model: ""             # 记忆提取模型，空字符串回退到主模型
+  promptMaxBytes: 8192  # 注入提示词的记忆内容最大字节数
 ```
 
----
-
-## 手动编辑
-
-记忆文件采用 Markdown 格式，支持手动编辑。手动内容可写在 `<!-- auto:end -->` 标记之后，不会被自动提取覆盖：
-
-```markdown
-<!-- auto:begin -->
-### user
-- 偏好使用函数式编程风格
-<!-- auto:end -->
-
-### 手动备注
-- 项目部署流程：npm run build -> scp dist/ -> pm2 restart
-- 数据库连接字符串在 Vault 中
-```
+记忆文件本身有 16KB 的硬上限，超限时按 `### ` 小节从后往前裁掉超出部分。

docs/tools.md

@@ -97,16 +97,15 @@ interface ToolVisibilityPolicy {
 
 ### 审批流水线（始终生效）
 
-六层决策链，按顺序执行，任一层返回 deny/allow 即终止：
+五层决策链，按顺序执行，任一层返回 deny/allow 即终止：
 
 | 层级 | 名称 | 逻辑 |
 |------|------|------|
 | 1 | **RuleEngine** | 规则引擎匹配，支持 glob 模式匹配工具名和参数，按优先级排序 |
-| 2 | **ReadonlyWhitelist** | 只读工具自动放行（read_file, search_code, search_files, fetch_url, web_search, dispatch_agent, todo_write） |
-| 3 | **PermissionMode** | 权限模式判断：`bypass`（全部放行）、`acceptEdits`（非破坏性工具放行）、`default`（继续下一层）。`plan` Profile 由独立的 `agent/profile.ts` 中的 `planProfileGateHook` 在 Layer 4 强制，不在此层处理 |
-| 4 | **HookPreToolUse** | 钩子决策，可返回 allow/deny/ask/continue，支持 `modifiedInput` 修改参数 |
-| 5 | **UserConfirmation** | 异步用户确认，支持 allow/deny/always/never 四种响应，always/never 会持久化为规则 |
-| 6 | **AuditLog** | 每一层决策后记录审计日志，通过 `tool.approval.post` 钩子发出 |
+| 2 | **PermissionMode** | 权限模式驱动的自动放行：`bypass`（全部放行）、`acceptEdits`（非破坏性工具放行，涵盖只读与编辑工具）、`default`（不自动放行，继续下一层）。只读工具不再有无条件的独立白名单层；`plan` Profile 由 `agent/profile.ts` 中的 `planProfileGateHook` 在下一层强制，不在此层处理 |
+| 3 | **HookPreToolUse** | 钩子决策，可返回 allow/deny/ask/continue，支持 `modifiedInput` 修改参数 |
+| 4 | **UserConfirmation** | 异步用户确认，支持 allow/deny/always/never 四种响应，always/never 会持久化为规则 |
+| 5 | **AuditLog** | 每一层决策后记录审计日志，通过 `tool.approval.post` 钩子发出 |
 
 ### 预设安全规则
 
@@ -130,11 +129,13 @@ interface ToolVisibilityPolicy {
 type PermissionMode = 'default' | 'acceptEdits' | 'bypass';
 ```
 
-- `default`：逐层审批，危险操作需用户确认
-- `acceptEdits`：非破坏性工具自动放行，减少确认弹窗
+- `default`：不自动放行任何工具（含只读工具），全部逐层审批
+- `acceptEdits`：非破坏性工具自动放行（涵盖只读工具与编辑类工具），破坏性工具仍需确认
 - `bypass`：全部放行，跳过所有审批（慎用）
 
-> `plan` 不再是 `PermissionMode` 的成员。plan Profile 通过 `AgentProfile.name === 'plan'` 结构化识别，由 `agent/profile.ts` 的 `planProfileGateHook` 和 `PLAN_PROFILE_ALLOWED_TOOLS` 共同限制工具。
+> 原独立的 `ReadonlyWhitelist` 层（在 `default` 下也无条件放行只读工具）已废弃，其语义并入 `PermissionMode` 的自动放行判定：`acceptEdits` 视只读工具为非破坏性工具自动放行，`default` 不再自动放行。
+
+> `plan` 不再是 `PermissionMode` 的成员。plan Profile 通过 `AgentProfile.name === 'plan'` 结构化识别，由 `agent/profile.ts` 的 `planProfileGateHook` 和 `PLAN_PROFILE_ALLOWED_TOOLS` 共同限制工具。因只读白名单层已删除，`dispatch_agent` 等在 plan 下不再被流水线上层提前放行，统一由 plan gate 拦截。
 
 ### OS 级沙箱（预留）
 

packages/codingcode/package.json

@@ -8,44 +8,18 @@
   },
   "exports": {
     ".": "./src/layer.ts",
-    "./agent/agent": "./src/agent/agent.ts",
-    "./agent/todo": "./src/agent/todo.ts",
-    "./agent/prompt": "./src/agent/prompt.ts",
-    "./session/store": "./src/session/store.ts",
-    "./session/io": "./src/session/io.ts",
-    "./session/types": "./src/session/types.ts",
-    "./session/messages": "./src/session/messages.ts",
-    "./core/path": "./src/core/path.ts",
-    "./core/workspace": "./src/core/workspace.ts",
-    "./core/error": "./src/core/error.ts",
-    "./core/result": "./src/core/result.ts",
-    "./core/types": "./src/core/types.ts",
-    "./context/context": "./src/context/context.ts",
-    "./hooks/registry": "./src/hooks/registry.ts",
-    "./tools/executor": "./src/tools/executor.ts",
-    "./mcp/client": "./src/mcp/client.ts",
-    "./mcp/types": "./src/mcp/types.ts",
-    "./skills/types": "./src/skills/types.ts",
-    "./approval/types": "./src/approval/types.ts",
-    "./approval/async-confirm": "./src/approval/async-confirm.ts",
-    "./server/create": "./src/server/index.ts",
-    "./server/adapter": "./src/server/adapter.ts",
-    "./server/port-discovery": "./src/server/port-discovery.ts",
+    "./client": "./src/client/http/index.ts",
     "./client/types": "./src/client/types.ts",
-    "./client/http": "./src/client/http.ts",
-    "./client/http-clients": "./src/client/http/index.ts",
+    "./server": "./src/server/index.ts",
     "./direct/agent-runtime": "./src/direct/agent-runtime.ts",
     "./direct/sessions": "./src/direct/sessions.ts",
     "./direct/settings": "./src/direct/settings.ts",
     "./direct/models": "./src/direct/models.ts",
-    "./agent/stream-adapter": "./src/agent/stream-adapter.ts",
-    "./checkpoint/checkpoint-service": "./src/checkpoint/checkpoint-service.ts",
-    "./checkpoint/shadow-git": "./src/checkpoint/shadow-git.ts",
-    "./checkpoint/bootstrap": "./src/checkpoint/bootstrap.ts",
-    "./llm/factory": "./src/llm/factory.ts",
-    "./llm/client": "./src/llm/client.ts",
-    "./layer": "./src/layer.ts",
-    "./subagent/types": "./src/subagent/types.ts"
+    "./approval/types": "./src/approval/types.ts",
+    "./agent/profile": "./src/agent/profile.ts",
+    "./core/error": "./src/core/error.ts",
+    "./core/types": "./src/core/types.ts",
+    "./llm/client": "./src/llm/client.ts"
   },
   "dependencies": {
     "@ai-sdk/deepseek": "^2.0.35",